Theo tài liệu hỗ trợ mới được Apple cập nhật, tính năng Boot Camp 5 (cho phép cài Windows song song OS X) trên chiếc máy Mac Pro 2013 chỉ dùng được với phiên bản Windows 8 64-bit. Ứng dụng hỗ trợ việc cài Windows là Boot Camp Assistant trên Mac Pro mới cũng đã thông báo rõ rằng thiết bị này chỉ dùng được với Windows 8 hoặc mới hơn mà thôi. Hiện chưa rõ vì sao Apple quyết định dừng hỗ trợ cho Windows 7, trong khi những máy Mac khác ra đời năm ngoái vẫn có thể dùng được hệ điều hành cũ này. Không loại trừ khả năng Apple cũng sẽ chấm dứt hỗ trợ Windows 7 cả trên những dòng máy Mac mới sắp ra mắt.
Động thái nói trên có thể khiến cho một số người dùng gặp khó khăn trong bối cảnh Windows 8 chưa thật sự phổ biến. Tính đến tháng này, Windows 8 và 8.1 mới chỉ chiếm được 10,68% thị phần hệ điều hành trên toàn thế giới, trong khi Windows 7 vẫn đang nắm trong tay tỉ trọng 47,31%. Nhiều doanh nghiệp, studio cũng chưa có kế hoạch nâng cấp Windows 7 lên Windows 8 nên nếu đem Mac Pro 2013 dùng trong môi trường này thì khách hàng sẽ phải vất vả hơn trong việc mua bản quyền (thay vì dùng license Windows 7 có sẵn của công ty).
Màn hình Boot Camp Assistant của Mac Pro mới, chỉ hỗ trợ Windows 8
